齐云山道教长期以来以正一教为主，统领全山。但齐云山早在唐朝就是道佛共存的局面，现在是道教占统治的格局。据宋代学者罗愿的《新安志》（载《四库全 书》“史部二十四”)卷四说，唐代天宝年中（742-755）有僧人居齐云山，隐修于西南麓的石桥岩。元和年间(806-820），歙州剌史韦绶，因梦见 古僧相貌，遂献奉银建石门寺于石桥岩，置钟、鼓、神像等什物，经过住持本立、光聪的尽心经营，卒为一方胜境。至南宋后，随着齐云山一带道教逐渐兴盛。延至 明代中后期，由于正一派的嗣汉天师张彦祖孙三代先后驻留齐云山，佛教遂被排斥。但直到“文革”前，仍有大雄宝殿、观者阁等庙宇存在。如今真仙洞府中供奉的 道教神——玄天上帝，四周却是佛教的十八罗汉并充作护卫神。

　　道教在齐云山的开拓始于唐朝乾元年间（758-760），时有道士龚栖霞（名籍无所考）云游至齐云山，隐居于石门岩。

　　这是齐云山最早出现的道士，后人遂将他栖居的岩洞命名为“栖真岩”，意即栖霞真人之岩，以示纪念。至南宋道士途道元建佑圣真武祠，道教方显兴盛。但直 到明嘉靖前，齐云山道教都是以“全真”为宗，属武当山全真派的后一个门派，其宫殿建筑和道规道制，皆仿效武当，故古人称其为“江南小武当”。至嘉靖年间 后，因龙虎山正一派天师在此建醮祈祀，从而使得正一派立足齐云并逐渐取得了统治地位，原来的全真派也是因势利导，自然地服从或转为正一派，从而形成了两派 并存而正一统领的格局。至今玉虚宫等处仍保持全真派，白岳山房供奉的也是全真教的七位真人，故亦称之为“真真石室”。

　　至于儒家的纲常伦理等观念在齐云山道教中更是有着浓厚的体现。齐云山道教的“世系谱”首句就是“守道明仁德”，主张儒道不二。山上的忠列岩、忠烈坊等 所宣扬的也都是儒家忠义的故事。这实际上也是道士们诵经宣咒、祈求神法所要达到的目的，即利益众生、爱护家国。包括佛教的教义与禅修，其目的也不外乎此。 玄天太素宫原有一楹联：“中国有圣人，是祖是师，咄咄西来东土；名山藏帝子，亦仙亦佛，元元北镇南天。”就是三教融合的很好写照。